北京儿童医院消化科每年收治专业系统疾病1300~1500人次，在全国小儿消化方面处于前列。拥有独立的病房、门诊、内镜中心以及胃肠动力研究室，是集临床、科研、教学为一体的综合性科室，具有一支梯队合理、技术精湛的医疗队伍。
消化科擅长诊治儿科常见消化系统疾病，如腹泻病、幽门螺杆菌感染、胃食管反流病、消化性溃疡、婴儿肝炎综合征、炎症性肠病、急慢性胰腺炎等，对少见病、疑难病症的诊治及急危重症抢救和处理亦具有较高水平，其中食物过敏症、小肠淋巴管扩张症、胃肠动力性疾病、炎性肠病和幽门螺杆菌感染的研究是科室的特色优势，处于国内领先水平。
内镜方面不仅已经开展常规的胃镜、结肠镜及胶囊内镜检查，而且已经熟练开展包括婴幼儿在内的内镜下止血、置管、内镜下扩张、异物取出术以及息肉切除等介入治疗。
同时，科室能够进行24小时食道pH监测、24小时胆汁监测、食道/直肠压力测定和腹部B超引导下肝穿刺活检等技术技能。
科室现有人员35人，包括临床医师15名，其中主任医师3名、副主任医师2名、主治医师4名、住院医师6名，其中具有博士学位2人，硕士学位9人。中心现有副主任护师1人，主管护师3人，护师9人，护士8人。
在国内外临床及科研交流方面，科室主持或作为主要参加人参与了国家“十一五”科技支撑计划、“十二五”科技支撑计划和北京市科技新星等，在国内外核心杂志发表论文多篇，并派出青年医师到国外儿童医院进行临床培训，科室的临床及相关科研成果也引起了国际消化界同仁的关注和认可。